Pro vládu Vratislava II. je pak nejpříznačnější konflikt s jeho bratrem, pražským biskupem Jaromírem, za který si ovšem mohl do značné míry Vratislav sám, protože nechal Jaromíra vysvětit na kněze násilím („aby to zůstalo v rodině“). Z důvodu tohoto konfliktu Vratislav po roce 1070 založil Vyšehradskou kapitulu, která byla z pravomoci pražského biskupa – jeho bratra Jaromíra vyňata, a učinil Vyšehrad (hrad byl na Vyšehradě postaven asi v 1. polovině 10. století – původně se jmenoval Chrasten) svým knížecím sídlem. (Vyšehrad pak zůstal panovnickým sídlem až do roku 1140.)
Roku 1085 dostal Vratislav II. od císaře Jindřicha IV. za pomoc v boji proti programu papežské nadvlády nad světem papeže Řehoře VII. královský titul – pro svoji osobu. Samozřejmě, že tento konflikt s papežem se neobešel bez tvrdých bojů. A v těch se tehdy, v Římě v letech 1081 a 1083, vyznamenávaly zejména oddíly českých bojovníků.
Řehoř VII. (1073-1085) předtím udělil roku 1076 za podporu svých světovládných plánů královský titul – také jen pro jeho osobu – polskému knížeti Boleslavovi II. Smělému. – Polsko a Uhry tehdy bojovaly na straně papeže.
Svůj program Řehoř VII. zformuloval v dokumentu Papežský diktát, Dictatus papae. Zdaleka nešlo jen o investituru, o právo jmenovat biskupy (o nějaký „boj o investituru“, jak se ve školách učí). Prohlásil se za zástupce Boha na Zemi, kterému je prý podřízena i veškerá světská moc. Mimo jiné vyhlásil, že papeže nesmí nikdo soudit.
Řehoř VII. se „proslavil“ i jako první papež, o kterém je známo, že navázal spolupráci s muslimy. Když byl totiž nakonec Jindřichem IV. oblehnut v Andělském hradě v Římě, pozval si na pomoc „saracény“ – Araby. Podle římských kronik se tehdy v Petrově bazilice zpívaly verše z koránu. Arabové vyvraždili skoro celý Řím, zbylí obyvatelé papeže vyhnali – a ten byl později prohlášen za svatého.)
K příležitosti Vratislavovy korunovace byl vytvořen rukopis Kodex vyšehradský (v zahraničí na objednávku).
Břetislav II. (1092-1100) se naopak vyznačoval naprostým fanatismem a nenávistí vůči všemu „pohanskému“, „slovanskému“, židovskému a „neřímskému“ vůbec.
Roku 1096 prošla Prahou první křižácká výprava. (Skutečným cílem křižáckých výprav bylo vyvrácení Byzantské říše po „konečném odštěpení“ římské sekty v roce 1054, šlo tedy o úmysl papežů likvidovat křesťanství.) Za přítomnosti křižáckých vojsk v Praze došlo mimo jiné k pogromu na židovské osady. Uvádí se, že kníže Břetislav II. a biskup Kosmas (není totožný se známým kronikářem) pouze využili příležitosti a vyhnali mnichy slovanské liturgie ze Sázavského kláštera. Sázavský klášter pak byl okupován benediktinskými mnichy z břevnovského kláštera, a slovanské knihy, které v něm byly nalezeny, byly zničeny. Slovanskou liturgii by tedy u nás nezrušil papež, ale z přehnané horlivosti právě Břetislav II. a jeho biskup Kosmas. O tom, že by to byla opravdu čistě jejich soukromá akce, nejsem až tak přesvědčen. Břetislav však každopádně využil pogromu a zkonfiskoval, „arizoval“ židovský majetek, který ještě po pogromu zůstal. (Pogrom provedl kněz Volkmar, který táhl se svou bandou zločinců s křižáky.)
Třebaže Soběslav I. (1125-1140) opět přestavěl a opevnil Pražský hrad – nechal postavit první skutečně zděnou, maltou spojovanou hradbu, místy až 15 m vysokou, i on, podobně jako dříve Vratislav II., přebýval na Vyšehradě. Důvodem byl opět biskup, Menhart, který se jej snažil zavraždit – zorganizoval na Soběslava atentát.
Roku 1140 Vladislav II. (1140-1172), který již nebyl v konfliktu s „církví“, při svém nástupu přesunul sídlo panovníka zpět na Pražský hrad. Vladislav se značně opíral o pomoc olomouckého biskupa Jindřicha Zdíka (který byl možná synem kronikáře Kosmy). Z jeho podnětu horlivě zakládal řadu klášterů nových řádů – cisterciáků a premonstrátů (do té doby – do roku 1140 byl v Čechách usazen jen jediný řád, a to řád benediktinů). Založil například Strahovský klášter, kam se i po své abdikaci na čas uchýlil. Tímto svým jednáním ovšem značně posiloval moc „církve“.
Vladislav také jako první začal „církvi“ udělovat imunity – první samozřejmě olomouckému biskupovi Jindřichovi Zdíkovi pro všechny statky držené olomouckým biskupstvím. Důvodem jeho odstoupení pak byl konflikt s císařem, poté, co byl Vladislavův syn Vojtěch, jakožto papežův stoupenec, jmenován salzburským arcibiskupem.
Od poloviny 12. století dochází v Českých zemích ke zrychlenému tempu osídlování. A šlechta v této době pro sebe staví „vesnické“ kostely, aby dávala najevo svou příslušnost ke křesťanské elitě.
