Rudolf II. byl na rozdíl od Maxmiliána fanatickým skatolíkem. Na panovnickém dvoře se hned zabydleli také papežští a španělští poradci, kteří řídili Rudolfovu skatolizační politiku.
Již roku 1581 byl do utrakvistické konsistoře dosazen administrátor, který, byť neoficiálně, přestoupil na skatolictví, a utrakvističtí kněží byli nahrazováni skatolickými. O dva roky později byl skatolíky synovec tohoto administrátora dosazen jako opat Emauzského kláštera. V klášteře dal do svatováclavské kaple vinný lis a z kláštera udělal hospodu. Po něm následoval jako opat další tajný skatolík, proti kterému se věřící jeho farnosti vzbouřili, a tak musel uprchnout. (Takováto infiltrace a vydávání se skatolíků za utrakvisty byly od příchodu jezuitů velmi časté.)
Již roku 1581 byl také v Olomouci zřízen papežský seminář (Collegium nordicum) pro kolaboranty z pravoslavných zemí severní a východní Evropy, kteří pak měli působit jako „misionáři“ ve svých původních vlastech. Roku 1581 již také Češi platí na obranu proti Turkům víc než ostatní země Koruny české. – Nepřímého použití Turků proti Čechům tak tedy bylo dosaženo.
V roce 1584 byly v Praze, jako jeden z prvních kroků skatolizace Čech, dosazeny městské rady složené pouze ze skatolíků a staroutrakvistů. V pozadí této změny byl císařův papežský poradce. Někdy se říká, že tohoto roku Rudolf vyhlásil neskatolíkům válku. Pro jeho liknavost však zatím vyzněla více méně do vytracena.
Roku 1584 došlo také k zavedení gregoriánského kalendáře, ve kterém byl při té příležitosti zrušen svátek mistra Jana Husa. Od roku 1588 sice byly kalendáře s Husovým svátkem opět tištěny, od roku 1603 však byl z rozkazu nejvyššího kancléře Zdeňka z Lobkovic nejen zakázán jejich tisk, ale pražští kněží byli na ten den každý rok zavíráni na Pražském hradě, aby nemohli kázat.
V roce 1594 byly skatolizační snahy poněkud zbrzděny, poté co se Jiří z Lobkovic, hlavní opora fanatické skatolizační politiky (založil v Chomutově teroristické výcvikové středisko pro jezuity, se kterými v roce 1590 vyvražďoval chomutovské obyvatelstvo), neúspěšně pokusil strhnout na sebe veškerou moc, s čímž u Rudolfa narazil.
Roku 1599 pak došlo, opět s pomocí papežského poradce, ke skatolickému převratu. Do všech zemských úřadů byli dosazeni (na „radu“ papežského poradce, který dal jmenovací listiny podepsat v této věci přece jen trochu opatrnému Rudolfovi, když ten zrovna nebyl při smyslech) fanatičtí skatolíci, v čele se Zdeňkem z Lobkovic. Podobně i do pražských městských rad. Šlo o onu novou, jezuity odchovanou generaci, kterou Jáchym Ondřej Šlik nazýval „jezuitská pacholátka“. (Na Moravě bylo obsazeno několik míst již v roce 1598.)
Nešlo však o – jak by mohl člověk v protestantské zemi čekat – nahrazení protestantů skatolíky. Skoro všechny úřady byly obsazeny skatolíky už dřív. Šlo tedy o nahrazení skatolíků skatolíky. Na rozdíl od dřívější kariéristické „staré školy“, „koryfejů“ – korytejů typu Viléma z Rožmberka, ale tentokrát šlo o zombie typu „Lobkoviců, Martiniců a Slavatů … a Dietrichštejnů“, s jezuity vypranými mozky, pouhá jezuitská média, bez nejmenší stopy lidství a individuality.
Ihned, jak fanatičtí skatolíci získali mocenské pozice, začali s tažením proti neskatolíkům. Na panstvích panovníka, „církve“ a některých skatolických vrchností se prováděla násilná skatolizace podle zásady „jaký pán, taková sexuální orientace“, třebaže tato zásada u nás nikdy oficiálně neplatila. Probíhalo mnoho politických procesů, zejména typicky havlovské procesy pro urážku hlavy státu, byli perzekuováni členové Jednoty bratrské. (Kuriózní byl pokus o justiční vraždu Karla staršího ze Žerotína, při kterém se Žerotín dokázal obhájit a „soudce“, Zikmunda z Dietrichštejna (kradinálova bratra), z toho ranila mrtvice.) Těžkých zločinů na obyvatelstvu se dopouštěli například Martinic ve Smečně nebo Jáchym Oldřich z Hradce, navedený jezuity, v Jindřichové Hradci (v Jindřichově Hradci byla také kolej jezuitských teroristů), a mnozí další. Na Moravě například již od roku 1575 podobně řádil Adam z Dietrichštejna, který okupoval Mikulovské panství. Roku 1602 Rudolf zakázal křesťanská náboženství a vyzval k zabavení křesťanských kostelů. V některých městech zakazovali pohřbívat mrtvé, deprivantizace majetku, věznění a vyhánění byly běžné, a roku 1605 arcibiskup sestavil seznam zaměstnání, která mohou vykonávat jen osoby se skatolickým průkazem.
Třebaže Rudolf napřed sliboval, že Židy nevyžene, roku 1605 chtěl v rámci skatolizace vyhnat i je. Byl již vydán příkaz k vystěhování, ale nakonec k němu nedošlo. Říká se, že tehdy stačilo, aby známý rabi Löw (Židy ovšem nazývaný Maharal) dětinskému Rudolfovi předvedl laternu magicu.
Foto: Rudolf II.
